尽管很多蝴蝶鱼很难在人工环境中饲养成活,它们在水族市场中依旧十分受欢迎,如果想要饲养蝴蝶鱼,应该提前了解其习性,准备好开口用的食物并且确保与缸内现有的生物没有冲突。由于蝴蝶鱼体质特殊,不耐运输且大多携带寄生虫和病菌,再加上毒捕的情况,很容易在运输过程中由于精神压力和互相争斗造成感染和体质虚弱,所以严格的检疫是必须的,没有足够的海水饲养经验还是不建议尝试蝴蝶鱼。
由于蝴蝶鱼漫长的浮游期,即便是容易饲养的品种也难以人工繁殖,因此市场上贸易的蝴蝶鱼都是野外捕捉且多数无法长时间饲养。尽管多数的蝴蝶鱼都被IUCN评为LC(低危),但是他们所面临的最大威胁并不是种群数量稀少,而是日渐萎缩的栖息地。蝴蝶鱼对于珊瑚礁的依赖性极强,它们的食物大部分来源于此,因此一个地区的蝴蝶鱼种群数量能够很好的反映出当地珊瑚礁的数量和健康情况,蝴蝶鱼种群也是环境学家判断海洋生态的重要指标之一。珊瑚礁需要蝴蝶鱼,同时蝴蝶鱼也依靠于珊瑚礁,一旦珊瑚礁不复存在,蝴蝶鱼也会很快随之消失。